Департамент аграрного розвитку
Департамент управління персоналом
Департамент державної політики у сфері санітарних та фітосанітарних заходів
Департамент правового забезпечення
Фінансово-економічний департамент
Управління аграрної інфраструктури
Управління бухгалтерського обліку та господарського забезпечення
Управління комунікаційної політики та організаційного забезпечення
Управління міжнародної політики
Управління регулювання аграрних ресурсів
Управління аграрного експорту та логістики
Управління розвитку цифрових трансформацій в аграрному сектору економіки
Відділ документообігу та контролю
Відділ роботи зі зверненнями громадян та доступу до публічної інформації
Відділ забезпечення діяльності заступників Міністра
Відділ з питань мобілізаційної роботи
Сектор забезпечення діяльності Державного секретаря
Сектор режимно-секретної роботи